Dentro del tema de los microorganismos hemos estudiado los procariotas y eucariotas.
Dentro de los procariotas encontramos a las bacterias pertenecientes a los dominios: eubacterias, que son las más primitivas y arqueobacterias, que pueden sobrevivir en ambientes extremos.
Los microorganismos eucariotas se pueden diferenciar en: algas microscópicas y protozoos que pertenecen a los protoctistas; y los hongos microscópicos que pertenecen a los hongos.
También hemos estudiado la existencia de agentes infecciosos como los viroides que son pequeñas moléculas de ARN de forma circular y monocatenaria que infecta las células vegetales y los priones que son proteÃnas con la misma o casi la misma secuencia de aminoácidos que una proteÃna normal pero que tienen una forma espacial distinta, es decir, un plegamiento anormal. Estos son agentes infecciosos muy simples, incluso más que los virus.
Por último, hemos visto contenidos sobre los virus los cuales no son seres vivos ya que son parásitos obligados y acelulares. Su estructura comprende: un genoma vÃrico, una cápsida que puede ser icosaédrica, helicoidal o compleja y algunos poseen una cubierta membranosa como los virus de la rabia o el sida. Su reproducción puede darse por diferentes ciclos: el ciclo lÃtico que comprende la fase de fijación, de penetración, de eclipse, de ensamblaje y de lisis (bacteriófagos) o el ciclo lisogénico que no tiene fase de lisis.
Los microorganismos patógenos son aquellos que producen enfermedades infecciosas a las plantas y a los animales. El factor que hace que un microorganismo sea patógeno se denomina factor de virulencia (toxinas y enzimas extracelulares).
Además las enfermedades infecciosas se pueden clasificar en función de los microorganismos que las producen o según el medio por el que son transmitidas: por contacto directo como la rabia y el tétanos, por el aire como la gripe y el sarampión, por transmisión sexual como el sida y la hepatitis B, por alimentos o  por el agua como el botulismo y la salmonelosis o por animales como la malaria y la fiebre amarilla.
La acción de los microorganismos se estudia en medios de cultivos donde se puede observar su crecimiento que se distinguen según su estado en medios lÃquidos y medios sólidos; y según los componentes en medios de enriquecimiento, selectivos e indicadores.  Además existen agentes antimicrobianos fÃsicos o quÃmicos que controlan el crecimiento de los microorganismos.
Por otro lado, la biotecnologÃa microbiana ha permitido mejorar la producción de antibióticos, vitaminas, aminoácidos y enzimas; y participan en procesos como las fermentaciones, el control de plagas de insectos, la industria alimentaria, la industria genética y la depuración de aguas residuales.
Por último, los microorganismos se relacionan con los ciclos biogeoquÃmicos donde pueden realizar la descomposición de la materia orgánica compleja muerta en materia orgánica sencilla o la mineralización de la materia orgánica en materia inorgánica. Los ciclos donde se pueden ver presentes los microorganismos son el ciclo del carbono, del azufre, del hierro, del nitrógeno, del fósforo y la degradación de hidrocarburos.
